Tampereen Biopankin tutkimusprojektit 2018

Biomarkkerit keuhkon karsinoidituumoreissa

Johanna Arola ja Caj Haglund (tutkimuksesta vastaavat henkilöt), Tiina Vesterinen (tutkimuskoordinaattori), Helsingin yliopisto

Keuhkon karsinoidituumorit ovat harvinainen keuhkosyövän alatyyppi. Niitä diagnosoidaan Suomessa vuosittain vain muutamia kymmeniä, minkä takia diagnosointi- ja hoitokäytäntöjen kehittäminen on ollut hankalaa. Yleisesti ottaen keuhkokarsinoidien ennuste on hyvä: leikkauksella hoidetuista potilaista on elossa viiden vuoden päästä 60-90 % karsinoidityypistä riippuen. Levinneeseen karsinoidituumoriin ei kuitenkaan ole olemassa parantavaa hoitoa. Lisäksi karsinoidituumorien metastaasit saattavat ilmentyä vasta vuosien päästä, minkä takia pitkä seuranta-aika on tarpeen. Tämän tutkimuksen tavoitteena on koota suomalaisilta keuhkokarsinoidipotilailta leikkauksen yhteydessä arkistoituja kudosnäytteitä noin 20 vuoden ajalta. Tämän materiaalin avulla pyrimme tunnistamaan tekijöitä, joilla voitaisiin parantaa taudin diagnostiikka tai ennusteen arviointia sekä oppia kohdentamaan hoito ja seuranta paremmin.

Uudet prognostiset keinot suunielusyövän hoitovasteen ennustamiseen

Sami Ventelä (tutkimuksesta vastaava henkilö) ja Jukka Westermarck (tutkimuksen vastuullinen johtaja), Turun yliopisto / TYKS

TAYS-piirissä todetaan noin 100 pään ja kaulan syöpätapausta vuodessa, joista suunielusyöpien osuus on kasvava. Jotta potilaan hoitoresurssit voitaisiin optimoida, tarvittaisiin merkkiaine, jolla kasvaimen ennuste ja vaste etenkin sädehoidolla pystyttäisiin ennakoimaan jo koepalasta. Tällaiseen tarkoitukseen sopivaa merkkiainetta ei tällä hetkellä ole kliinisessä käytössä. Viimeaikaiset havaintomme syöpää aiheuttavan proteiini CIP2A:n ja kantasolutekijä Oct4:n merkityksestä pään ja kaulan syövissä ovat paljastaneet uusia mahdollisuuksia suunielusyöpäpotilaiden taudinkulun ennustamiseen ja hoitovasteen suunnittelemiseen. Tässä projektissa tutkimme rinnakkain Turussa, Tampereella ja Oulussa hoidettujen suunielusyöpäpotilaiden kasvainnäytteitä ja analysoimme yllämainittujen proteiinien ilmentymistasoja suhteessa potilaiden selviytymiseen, taudin uusiutumiseen ja annettuihin hoitoihin. Lopullisena tavoitteena on hoitovasteen ja ennusteen erottelukyvyn parantaminen lääketieteellisten potilaskokeiden suunnittelemiseksi.

I  Porokarsinooma – kliinispatologinen tutkimus

Virve Koljonen, Töölön sairaala, HUS

Porokarsinooma (eccrine poro carcinoma) on harvinainen, hikirauhasperäinen ihosyöpä. On arvioitu, että sen osuus kaikista epiteliaalista alkuperää olevista ihosyövistä on vain noin 0,005 – 0,01%. Samoin kuin Merkelin solu syöpä, se vaikuttaa heikentävän immuunivastetta. Sen vuoksi ei olekaan yllättävää, että Merkelin solu syöpä -viruksen DNA on löydetty yli 65 % porokarsinoomakasvaimista, mikä on huomattavasti suurempi osuus kuin muilla tutkituilla ei-Merkelin solu syöpäkasvaimilla.

Tutkimme porokarsinoomien ja Merkelin solun polyoomaviruksen kopiomäärän ja osuuden. Hyödynnämme ryhmämme kokemusta ja osaamista myös tämän mahdollisesti virusalkuisen syövän tutkimuksessa. Tavoitteemme on varmentaa Merkelin solu syöpäkasvaimissa tekemiämme havaintoja viruksen vaikutuksesta syövän syntyyn vertailemalla näiden kahden syövän tuloksia.

II  Porokarsinooma – kliinispatologinen tutkimus. Laajennettu genominen maisemakuvatutkimus

Virve Koljonen, Töölön sairaala, HUS

Tämä tutkimus on jatkoa aiemmalle tutkimuksellemme ”Porokarsinooma - kliinispatologinen tutkimus”, jossa kartoitetaan Merkelin solun polyoomaviruksen esiintyvyyttä taudissa. Tutkimus laajentuu geneettiseksi maisemakuvaustutkimukseksi, jossa tutkitaan ihmisen tunnettujen polyooma- ja papilloomavirusten esiintyvyyttä sekä niiden yhteyttä taudin ennusteeseen. Tutkimuksessa kartoitetaan myös syöpään liittyviä geenimutaatioita sekä geenien ilmentymistä seuraavan sukupolven  DNA- ja RNA-sekvennointimenetelmiä hyödyntäen.

Fibroottisen dysplasian kuvantamisdiagnostiikka ja histopatologiset tyyppipiirteet

Anna-Reetta Kinnunen, Itä-Suomen yliopisto (Ohjaaja: Petri Sipola)

Fibroottinen dysplasia on luuston kehityshäiriö, johon liittyy luumuutoksia, jotka saattavat herättää epäilyn pahanlaatuisesta luusairaudesta. Vaikeissa tautitapauksissa tautiin liittyy luiden epämuodostumia ja murtumia. Tautiin liittyvät kuvantamislöydökset ja taudinkulku ovat tieteellisessä kirjallisuudessa puutteellisesti raportoitu. Kirjallisuus koostuu lähinnä yhteen aikapisteeseen keskittyvistä yksittäisistä tapausselostuksista. Pyrimme selvittämään taudin tyypilliset kuvantamislöydökset ja sen pystytäänkö tauti erottelemaan pahanlaatuisista luumuutoksista kuvantamislöydösten perusteella vai tarvitaanko taudin diagnosoimiseksi invasiivinen luunäyte. Pyrimme saamaan myös toistettujen kuvausten perusteella käsityksen tyypillisestä taudin kulusta.

Nivelreuman HILMO-diagnoosien validaatiotutkimus

Hanna-Kaisa Heikkilä (yhteyshenkilö/hakija) ja Pia Isomäki (tutkimuksesta vastaava henkilö), TAYS; Antti Palomäki, Turun yliopisto / TYKS (primary investigator)

Tutkimuksen tavoitteena on tutkia kuinka hyvin biopankkipotilaiden hoitoilmoitusrekisteriin (HILMO) kirjatut nivelreumadiagnoosit vastaavat potilastietojärjestelmistä löytyviä kliinisiä tietoja.