Tampereen Biopankin tutkimusprojektit 2024

FinnGen 3 EDTA-Plasma sample request

Argyro Bizaki-Vallaskangas, Tampere University

Aarno Palotie, FIMM

FinnGen on kymmenen vuoden mittainen tutkimushanke, joka pyrkii selvittämään tuhansien sairauksien geneettisiä riskitekijöitä. FinnGenin kolmas vaihe keskittyy aiemmissa vaiheissa tunnistettujen sairauksien ja geneettisten varianttien syvällisempään analyysiin laajentamatta nykyistä 520 000 biopankkiosallistujan aineistoa. Hankkeessa tehdään pitkittäistutkimuksia sairauksien etenemisestä ja hoitovasteista sekä tutkitaan geneettisten riskitekijöiden biologisia mekanismeja valituissa sairauksissa. Aikaisemmin tuotettuun tutkimusaineistoon yhdistetään uutta terveystietoa ja molekyyliprofiloinnin avulla biopankkinäytteistä tuotettua tietoa. Näin pystytään ymmärtämään niitä biologisia prosesseja, jotka vaikuttavat sairauden kehittymiseen tutkittujen geneettisten riskitekijöiden kantajilla.

Proteiinit toimivat tärkeinä biomarkkereina sairauksille ja lääkevasteille. Niihin vaikuttavat geneettiset, kliiniset ja ympäristötekijät ja ne ovat olennaisia yleisen terveydentilan seurannassa. Proteiinitasojen tutkimiseksi FinnGen tuottaa kattavaa proteomiikka-dataa valikoiduista biopankkien keräämistä EDTA-plasmanäytteistä. Tutkimuksessa selvitetään, vaikuttavatko aiemmin tunnistetut suomalaisille tyypilliset sairauksiin yhdistetyt geenivariantit plasman proteiiniprofiiliin. Analyysin avulla voimme saada tärkeää lisätietoa siitä, mitkä geneettisesti tunnistetut lääkekehityskohteet olisivat potentiaalisia kohteita sairauden etenemisen pysäyttämiseksi tai hidastamiseksi. Tieto voi helpottaa uusien lääkkeiden kehittämistä ja täsmälääketieteen sovelluksia.

Owkin IBD project

Owkin France

Tulehduksellinen suolistosairaus (IBD) on termi, joka käsittää kaksi heikentävää sairautta, joille on ominaista suoliston krooninen tulehdus: Crohnin tauti ja haavainen paksusuolentulehdus. Tällä hetkellä taudin syytä ei ole tunnistettu, ja useimmat hoitovaihtoehdot lievittävät vain oireita, mutta eivät paranna tautia. Tämän hankkeen tavoitteena on ymmärtää paremmin tautia ja sen syitä, jotta voidaan paremmin arvioida potilaiden vastetta nykyisiin hoitomuotoihin, minkä ansiosta hoitovaihtoehdot voidaan räätälöidä potilaille paremmin.

FinnGen IBD Task Force access request

Aarno Palotie, FIMM

FinnGen on kymmenen vuoden mittainen tutkimushanke, joka pyrkii selvittämään tuhansien sairauksien geneettisiä riskitekijöitä. FinnGenin kolmas vaihe keskittyy aiemmissa vaiheissa tunnistettujen sairauksien ja geneettisten varianttien syvällisempään analyysiin laajentamatta nykyistä 520 000 biopankkiosallistujan aineistoa. Hankkeessa tehdään pitkittäistutkimuksia sairauksien etenemisestä ja hoitovasteista sekä tutkitaan geneettisten riskitekijöiden biologisia mekanismeja valituissa sairauksissa. Aikaisemmin tuotettuun tutkimusaineistoon yhdistetään uutta terveystietoa ja molekyyliprofiloinnin avulla biopankkinäytteistä tuotettua tietoa. Näin pystytään ymmärtämään niitä biologisia prosesseja, jotka vaikuttavat sairauden kehittymiseen tutkittujen geneettisten riskitekijöiden kantajilla.

IBD:n (tulehduksellisten suolistosairauksien) geenitutkimukset ovat tuottaneet poikkeuksellisen paljon tietoa sairauden geneettisistä riskitekijöistä. Satoja yleisiä ja kymmeniä harvinaisia koodaavia geenivariantteja on jo tunnistettu. Lisäksi varianttien biologisen vaikutuksen ymmärtäminen on edistynyt nopeammin kuin useimmissa monitekijäisissä sairauksissa, koska tutkimukseen tarvittavia kudos- ja immuunisolunäytteitä on saatavilla helpommin kuin moneen muuhun sairauteen. Tästä huolimatta emme edelleenkään ymmärrä, miten nämä biologiset löydökset liittyvät taudin etenemiseen, vakavuuteen tai hoitovasteeseen, koska tähän liittyviä tutkimuksia ei ole riittävästi. FinnGenin tavoitteena on täyttää tämä aukko hyödyntämällä kymmeniä vuosia kattavaa sairaus- ja hoitohistoriaa, jota ei löydy muista suurista biopankkihankkeista. Tämä tehdään täydentämällä nykyistä tutkimusaineistoa IBD-potilaiden patologisten diagnoosikoodien ja kudosnäytteiden avulla.

FinnGen 3 DNA sample request for Autosomal Dominant Polycystic Kidney Disease (ADPKD)

Aarno Palotie, FIMM

FinnGen on 10 vuoden mittainen tutkimushanke, joka pyrkii selvittämään tuhansien sairauksien geneettisiä riskitekijöitä. FinnGenin kolmas vaihe keskittyy aiemmissa vaiheissa tunnistettujen sairauksien ja geneettisten varianttien syvällisempään analyysiin laajentamatta nykyistä 520 000 biopankkiosallistujan aineistoa. Hankkeessa tehdään pitkittäistutkimuksia sairauksien etenemisestä ja hoitovasteista sekä tutkitaan geneettisten riskitekijöiden biologisia mekanismeja valituissa sairauksissa. Aikaisemmin tuotettuun tutkimusaineistoon yhdistetään uutta terveystietoa ja molekyyliprofiloinnin avulla biopankkinäytteistä tuotettua tietoa. Näin pystytään ymmärtämään niitä biologisia prosesseja, jotka vaikuttavat sairauden kehittymiseen tutkittujen geneettisten riskitekijöiden kantajilla.

Tässä alahankkeessa pyrimme selvittämään polykystisen munuaistaudin eli munuaisten monirakkulataudin (ADPKD) geneettistä taustaa. ADPKD on yleisin periytyvä munuaissairaus, jonka esiintyvyys on noin 1 tapaus 400–1000 henkilöä kohti. Tauti johtuu pääasiassa PKD1- ja PKD2-geenien mutaatioista. Potilaat diagnosoidaan yleensä aikuisiässä ja heillä on riski munuaisten vajaatoimintaan, verenpaineeseen ja kiputiloihin. ADPKD:n etenemiseen vaikuttavien keskeisten tekijöiden tunnistamiseksi on tärkeää tietää, minkälaisia sairaudelle altistavia geenivirheitä potilailla on. Tähän tarkoitukseen FinnGen-tutkimuksen nykyiset GWAS-pohjaiset genotyyppitiedot eivät riitä, ja siksi sekvensoimme noin 800 mahdollisesti ADPKD:a sairastavan henkilön geenit.

Towards more personalized and more effective fracture treatment: Role of genetics and molecular biology in fracture healing and clinical decision making

Aleksi Reito, Tays

Tällä hetkellä ei ole olemassa validoituja ja tarkkoja työkaluja, jotka auttaisivat kliinikkoa arvioimaan luutumattomuuden riskiä tietyntyyppisissä murtumissa. Lukemattomat tutkimukset ovat pyrkineet selvittämään luutumattomuuden riskitekijöitä, mutta yleisesti ottaen tutkimuksen laatu tältä osin on heikkoa. Genomitietoa, farmakologisia ja muita molekyylibiologisia näkökohtia ei ole juurikaan tutkittu ihmisten murtumien paranemisessa. Tämän tutkimuksen tarkoitus on edistää näitä näkökohtia.

Genetics of sudden deafness, vestibular neuritis and age-related hearing loss.

Argyro Bizaki-Vallaskangas, Tampere University

Idiopathic sudden hearing loss is an otologic emergency with an obscure cause. Vestibular neuritis is idiopathic inflammation of vestibular nerve, characterized clinically by an acute or subacute  onset of vertigo ; nausea and imbalance. Hearing loss and tinnitus do not usually occur. There are considered two different entities, and their pathophysiologic mechanisms remains unknown.GWAS analyses in Finnish population for either sudden deafness or vestibular neuritis patients, revealed two shared variants in chromosome 12 close to TUBA1c and DIP2B genes. Genetics studies in patients with age-related hearing loss revealed a strong association with SYNJ2 gene especially in female patients. Those shared variants imply a shared genetic association. Studying the shared separate genetic background of the various phenotypes provides a valuable tool for revealing their unknown pathophysiology.

Panvalenttinen enterovirusrokote

Minna Hankaniemi, Tampereen Yliopisto

Enterovirukset (EVt) aiheuttavat valtavan tautitaakan ihmisille (aiheuttaen mm. velttohalvausta, aivokalvontulehdusta ja sydänlihastulehdusta). 286 EV:a infektoi ihmisiä, mutta 282:a EV:a vastaan ei ole rokotetta. Vaikka perinteiset inaktivoituihin ja heikennettyihin viruksiin perustuvat poliorokotteet ovat maailmanlaajuisessa käytössä, polion aiheuttamia velttohalvauksia esiintyy edelleen. Tässä projektissa analysoimme plasma/seeruminäytteitä, jotka on kerätty enterovirusinfektion tai taudin läpikäyneiltä potilailta. Näytteistä analysoidaan EV:lle spesifisten vasta-aineiden tasoa ja yleisyyttä sekä verrataan eri epitoopeille spesifisten vasta-aineiden yleisyyttä taudin tai infektion läpikäyneissä potilaissa. Tavoitteena on määrittää näytteistä EV:lle spesifisiä vasta-aineita. Näitä EV:n osia ei tulla sisällyttämään projektissa kehitettävään rokotteeseen. Kehitämme projektissa viruksenkaltaiseen partikkeliin pohjautuvan EV-rokotteen, jolla tavoitellaan suojaa kaikkia EV:a vastaan.

Biopankkitutkimus mielenterveydenhäiriöiden farmakogenetiikasta

Jaakko Kaprio, FIMM, Helsingin Yliopisto

PSY-PGx on EU:n Horizon 2020 -hanke, jonka tavoitteena on hyödyntää  genotyyppitietoja, joilla mahdollistaa yksilöllinen farmakoterapia psykiatristen häiriöiden hoidon parantamiseksi. Tässä osatutkimuksessa selvitetään biopankkien ja terveydenhuollon rekisteritietojen avulla, vaikuttaako kahden geenin geneettinen vaihtelu potilailla, joille on määrätty valikoituja lääkkeitä mielenterveyshäiriöihin, lääkityksen muutoksiin, sairaalahoitoihin ja kuolleisuuteen Suomessa. Vastuullinen tutkija on tutkimusjohtaja Jaakko Kaprio, Helsingin yliopisto ja EU-hankkeen koordinaattori ja johtaja on psykiatri Roos van Westrhenen. Lue lisää hankkeen sivuilta.