Valikkonäyttö
Lihastautien erityisdiagnostiikka - DNA-tutkimukset
Lihastautien erityisdiagnostiikka - DNA-tutkimukset
Lihastautien erityisdiagnostiikka - DNA-tutkimukset
DNA:han perustuvilla menetelmillä diagnosointi pohjautuu tautia aiheuttavan geenivirheen paikantamiseen.
Lähetteenä DNA-tutkimukseen käytetään alla olevaa lomaketta.
Näytteenä lähetetään 10 ml EDTA-verta. Yksi näyte riittää kaikkiin tutkimuksiin. Lähettäminen tapahtuu tavallisena postilähetyksenä huoneenlämmössä, pakastetut näytteet pakkaskuljetuksena. Perjantaisin otetut näytteet säilytetään viikonlopun yli + 4 °C:ssa ja lähetetään laboratorioon seuraavana arkipäivänä.
Tällä sivulla
Lihastaudit
Dystrofia myotonika tautimuotojen DNA-diagnostiikka
DM1 Steinertin tauti
DM1 johtuu DMPK-geenin CTG-emäskolmikon toistojaksolaajentumasta, jota ei voida monistaa perinteisellä PCR-menetelmällä. DM1-taudin tutkimus on kaksivaiheinen: ensin monistetaan DMPK-geenin mutaatioalue, jolloin tauti voidaan poissulkea, jos tutkittavalla monistuu kyseinen alue molemmista kromosomeista (kaksi erikokoista alleelia). Jos vain yksi alleeli monistuu, tehdään jatkotutkimus, jossa toistojaksomutaatio osoitetaan DNA:sta RP-PCR -menetelmällä. Vastaavat DNA-pohjaiset menetelmät ovat käytössä myös DM2-taudin diagnostiikassa.
6035 B -DM1ALLD
Dystrofia myotonica tyyppi 1 (DM1) -taudin alleelikokojen DNA-tutkimus DMPK-geenistä (seulontamenetelmä)
Vastausaika: 2-4 viikkoa
6036 B -DM1RPMD
Dystrofia myotonica tyyppi 1 (DM1) -taudin toistojaksomutaation DNA-tutkimus DMPK-geenistä (tehdään, jos B -DM1ALLD tutkimuksen vastaus on 1 normaali alleeli). Menetelmällä ei selviä toistojaksojen pituus.
Vastausaika: 4-8 viikkoa
DM2 (PROMM)
DM2 johtuu ZNF9-geenissä olevasta CCTG-emäsnelikon toistojaksolaajentumasta, joka ei monistu tavallisella PCR-menetelmällä. DM2-tauti voidaan poissulkea, jos tutkittavalla monistuu molempien kromosomien ZNF9-geenin alue, eli nähdään kaksi erikokoista alleelia. Jos vain yksi alleeli monistuu, tehdään jatkotutkimus, jossa toistojaksomutaatio osoitetaan DNA:sta RP-PCR-menetelmällä. Vastaavat DNA-pohjaiset menetelmät ovat käytössä myös DM1-taudin diagnostiikassa.
4889 B -DM2ALLD
Dystrofia myotonica tyyppi 2 (DM2), ZNF9-geenin toistojakson alleelikokojen DNA-tutkimus (seulontamenetelmä)
Vastausaika: 2-4 viikkoa
4890 B -DM2MUTD
Dystrofia myotonica tyyppi 2 (DM2), ZNF9-geenin toistojaksomutaation DNA-tutkimus (tehdään, jos B -DM2ALLD tutkimuksen vastaus on 1 normaali alleeli)
Vastausaika: 4-8 viikkoa
Myotonia congenita (CLCN1-geenin mutaatiot)
CLCN1-geenissä on lukuisia peittyvästi periytyviä synnynnäistä myotoniaa aiheuttavia mutaatioita, joista suomalaisilla esiintyy ainakin 18. Näistä yleisimmät suomalaisilla ovat R894X ja F413C. Ensi vaiheen tutkimuksessa (4990 B -CLCN1-D) sekvensoidaan eksonit 11, 15 ja 23, joissa sijaitsee R894X- ja F413C-mutaatioiden lisäksi myös muita melko yleisiä mutaatioita (mm. A531V). Tarvittaessa voidaan tutkia koko geeni sekvensoimalla, jolloin voidaan havaita myös muut, harvinaisemmat mutaatiot (B -CLCN1laaja). Lihasnäytteestä tehtävällä lähetti-RNA:n sekvensoinnilla tutkitaan mahdolliset silmukointiin liittyvät mutaatiot (Ts-CLCN1mR), mikäli koko geenin sekvensointi on jäänyt negatiiviseksi ja lihasnäytteen immunohistokemialla kloridikanavaproteiinin määrä on puutteellinen.
4990 B -CLCN1-D
CLCN1-geenin Suomessa esiintyvien mutaatioiden tutkimus synnynnäisessä myotoniassa (Myotonia congenita)
Vastausaika: 8-12 viikkoa
B -CLCN1laaja
Synnynnäistä myotoniaa aiheuttavan CLCN1-geenin koko geenin mutaatioiden tutkimus sekvensoimalla
Vastausaika: 16-20 viikkoa
Ts-CLCN1mR
Synnynnäistä myotoniaa aiheuttavan CLCN1-geenin mutaatioiden tutkimus lähetti-RNA:sta, lihasnäytteestä
Vastausaika: 16-20 viikkoa
Paramyotonia congenita ja periodittainen paralyysi (HOKPP2)
Natriumkanavan geenin (SCN4A) synnynnäistä paramyotoniaa ja HOKPP2:a aiheuttavat tavallisimmat mutaatiot ja niitä läheisesti ympäröivät alueet tutkitaan sekvensoimalla. Sekvensointi kattaa SCN4A-geenin eksonit 19, 21, 22 sekä eksonin 24 alkuosan. Mikäli tulos jää negatiiviseksi jatketaan eksonien 13, 17, 23 ja eksonin 24 loppuosan sekvensoinnilla.
6034 B -SCN4A-D
Paramyotonia congenita -tautia aiheuttavan SCN4A-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus. Tutkimus on kaksivaiheinen, joista jälkimmäinen tehdään vain, jos ensimmäisen tulos on negatiivinen.
Vastausaika: 8-16 viikkoa
Tyypin 1 hypokaleeminen periodittainen paralyysi (HOKPP1)
CACNA1S-geenin mutaatiot aiheuttavat tyypin 1 hypokaleemista periodittaista paralyysiä. Geenistä tutkitaan sekvensoimalla eksonit 4, 5, 11, 12, 21, 22, 30 ja 31, joista tähän tautiin liittyviä mutaatioita on löydetty.
B -CACNA1S-D
Tyypin 1 hypokaleemista periodittaista palalyysiä aiheuttavan CACNA1S-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 12-16 viikkoa
TMD-taudin, LGMD2J:n ja muiden titinopatiatautien diagnostiikka
Tibiaalisen lihasdystrofian (TMD) valtamutaatio suomalaisilla on 11 emäksen pituinen deleetio ja insertio titiini-geenin viimeisessä eksonissa (Mex6). Sama mutaatio homotsygoottisena aiheuttaa tyypin 2J hartia-lantiorenkaan lihasdystrofiaa (LGMD2J). Tutkimuksessa sekvensoidaan Mex6-eksoni. Ulkomaalaisilla TMD-tautia aiheuttavia mutaatioita on löydetty myös eksonista Mex5. Muualla TTN-geenin C-terminaalialueella sijaitsevat mutaatiot voivat aiheuttaa LGMD2J-tautia, HMERF-tautia sekä muita reunusrakkula-vakuolaarisia myopatioita. Näitä mutaatioita esiintyy myös Suomessa.
4891 B -TTNFI-D
Tibiaalisen lihasdystrofian (TMD) suomalaisen valtamutaation (FINmaj) DNA-tutkimus
Vastausaika: 4-8 viikkoa
B -TTN-D
Muiden titinopatiaa aiheuttavien TTN-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus. Epäilty tauti on tarkennettava erikseen tutkimusta pyydettäessä.
Vastausaika: 4-8 viikkoa
Welanderin distaalinen myopatia
Welanderin distaalista myopatiaa aiheuttavan TIA1-geenin valtamutaatio ja sitä läheisesti ympäröivä alue tutkitaan sekvensoinnilla. Tämä tutkimus korvaa aiemmin käytössä olleen perustajahaplotyyppiin perustuvan tutkimuksen (4884 B -WDM-D).
B -TIA1-D (4884 B -WDM-D)
Welanderin distaalista myopatiaa (WDM) aiheuttavan TIA1-geenin valtamutaation DNA-tutkimus
Vastausaika: 4-8 viikkoa
LGMD2A (kalpainopatia)
Lihaksen kalpaiinin geenistä (CAPN3) tutkitaan neljä tiedossa olevaa suomalaismutaatiota sekä muita kalpainopatiaan liittyviä mutaatioita sekvensoimalla. Sekvensointi kattaa geenin eksonit 1, 4, 5, 8, 10, 11, 13, 15, 20 ja 21. Tarvittaessa voidaan tutkia muihin eksoneihin sekä silmukointiin liittyviä mutaatioita lihasnäytteestä tehtävällä lähetti-RNA:n sekvensoinnilla (Ts-CAPN3mR).
4887 B -CAPN3-D
LGMD2A-tautia (Limb-girdle muscular dystrophy type 2A, kalpainopatia) aiheuttavan CAPN3-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 16-20 viikkoa
Ts-CAPN3mR
LGMD2A-tautia (Limb-girdle muscular dystrophy type 2A, kalpainopatia) aiheuttavan CAPN3-geenin mutaatioiden tutkimus lähetti-RNA:sta, lihasnäytteestä
Vastausaika: 16-20 viikkoa
LGMD2D (alfa-sarkoglykanopatia)
Alfa-sarkoglykaanin geenin (SGCA) valtamutaatio ja sitä läheisesti ympäröivä alue tutkitaan sekvensoinnilla. Valtamutaatio (R77C) sijaitsee eksonissa 3. Mikäli potilaalla ei ole homotsygoottista valtamutaatiota, mutta LGMD2D-taudista on vahva epäily esim. puuttuvan proteiinin vuoksi, voidaan mutaatiohakua jatkaa koko geenin sekvensoinnilla.
4994 B -SGCA-D
LGMD2D-tautia (Limb-girdle muscular dystrophy type 2, alfa-sarkoglykanopatia) aiheuttavan SGCA-geenin valtamutaation DNA-tutkimus
Vastausaika: 4-8 viikkoa
LGMD2I (FKRP-geenin mutaatiot)
FKRP-geenin suomalaisilta löytynyt valtamutaatio (L276I) todetaan sekvensoimalla kyseinen alue geenistä. Mikäli potilaalla ei ole homotsygoottista valtamutaatiota, voidaan tarvittaessa sekvensoida koko geenin proteiinia koodaava alue. Suomessa esiintyy myös muita mutaatioita valtamutaation lisäksi.
6029 B -FKRPV-D
LGMD2I-tautia aiheuttavan FKRP-geenin valtamutaation (L2761) DNA-tutkimus.
Vastausaika: 4-8 viikkoa
4888 B -FKRP-D
LGMD2I-tautia ja CMD1C-tautia aiheuttavan FKRP-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 4-8 viikkoa
LGMD2H (TRIM32-geenin mutaatiot)
TRIM32-geenistä tutkitaan sekvensoimalla se alue eksonista 2, josta suurin osa tautia aiheuttavista mutaatioista on löydetty.
B -TRIM32-D
LGMD2H-tautia ja Bardet-Biedlin syndroomaa aiheuttavan TRIM32-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 4-8 viikkoa
LGMD2L- ja MMD3-taudit (ANO5-geenin mutaatiot)
ANO5 (TMEM16E) -geenin mutaatiot aiheuttavat pohkeen distaalista lihasdystrofiaa (MMD3) sekä hartia-lantiodystrofian tyyppiä 2L (LGMD2L). Geenistä tutkitaan sekvensoinnilla eksonit 5 ja 20, joissa sijaitsevat yleisimmät suomalaisilla tautia aiheuttavat mutaatiot (B -ANO5-D). Tarvittaessa voidaan sekvensoida myös geenin muut eksonit (B -ANO5laaja).
B -ANO5-D
LGMD2L-tautia (Limb-girdle muscular dystrophy type 2L) sekä pohkeen distaalista lihasdystrofiaa aiheuttavan ANO5-geenin mutaatioiden kohdennettu DNA-tutkimus
Vastausaika: 4-8 viikkoa
B -ANO5laaja
LGMD2L-tautia (Limb-girdle muscular dystrophy type 2L) sekä pohkeen distaalista lihasdystrofiaa aiheuttavan ANO5-geenin mutaatioiden laaja DNA-tutkimus
Vastausaika: 12-16 viikkoa
LGMD1C (CAV3-geenin mutaatiot)
Mutaatiot CAV3-geenissä aiheuttavat vallitsevasti periytyvää LGMD1C-tautia, RMD-tautia (rippling muscle disease) sekä tyypin 9 synnynnäistä pitkä QT -oireyhtymää. Geenistä tutkitaan sekvensoinnilla koko proteiinia koodaava alue.
B -CAV3-D
LGMD1C-tautia, RMD-tautia ja tyypin 9 synnynnäistä pitkä QT -oireyhtymää aiheuttavan CAV3-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 4-8 viikkoa
LGMD1D (DNAJB6-geenin mutaatiot)
DNAJB6-geenin mutaatiot aiheuttavat LGMD1D-tautia. Geenistä tutkitaan sekvensoimalla eksoni 5, josta toistaiseksi kaikki tautia aiheuttavat mutaatiot on löydetty.
B -DNAJB6-D
LGMD1D-tautia aiheuttavan DNAJB6-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 4-8 viikkoa
LGMD1B ja EDMD sekä kardiomyopatia (LMNA-geenin mutaatiot)
Mutaatiot LMNA-geenissä aiheuttavat LGMD1B-tautia, vallitsevasti periytyvää Emery-Dreifuss lihasdystrofiaa sekä kardiomyopatiaa. Sekvensoinnilla tutkitaan geenin eksonit 1, 2, 10 ja 11. Tarvittaessa on mahdollisuus sekvensoida koko geenin proteiinia koodaava alue.
4998 B -LMNA-D
LGMD1B-tautia (Limb-girdle muscular dystrophy type 1B), vallitsevaa Emery-Dreifuss lihasdystrofiaa sekä kardiomyopatiaa aiheuttavan LMNA-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 8-12 viikko
Emery-Dreifussin lihasdystrofia (EDMD)
Mutaatiot EMD-geenissä aiheuttavat X-kromosomaalisesti periytyvää >Emery-Dreifussin lihasdystrofiaa. Geenistä tutkitaan sekvensoimalla koko geenin proteiinia koodaava alue.
B -EMD-D
Emery-Dreifussin lihasdystrofiaa aiheuttavan EMD-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 8-12 viikkoa
LGMD1A/distaalinen myofibrillaarinen myopatia (MYOT-geenin mutaatiot)
Distaalista myotilinopatiaa ja LGMD1A-tautia aiheuttavat MYOT-geenin mutaatiot tutkitaan sekvensoinnilla. Yleisimmät mutaatiot sijaitsevat eksonissa 2. Tarvittaessa on mahdollisuus sekvensoida koko geenin proteiinia koodaava alue.
4995 B -MYOT-D
Distaalista myotilinopatiaa ja LGMD1A-tautia (Limb-girdle muscular dystrophy type 1A, myotilinopatia) aiheuttavan MYOT-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 4-8 viikkoa
Distaalinen myofibrillaarinen myopatia (ZASP-geenin mutaatiot)
ZASP-geenistä tutkitaan sekvensoimalla alue, josta toistaiseksi kaikki tiedossa olevat varmat myofibrillaarista myopatiaa (ZASP-related myofibrillar myopathy) aiheuttavat mutaatiot on löydetty. Mutaatiot sijaitsevat eksonissa 6.
4996 B -ZASP-D
Distaalista myofibrillaarista myopatiaa aiheuttavan ZASP-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 4-8 viikkoa
Myofibrillaarinen myopatia (CRYAB-geenin mutaatiot)
Alfa-b-krystallinopatia on eräs myofibrillaarisen myopatian muoto. Sitä aiheuttavasta CRYAB-geenistä tutkitaan sekvensoinnilla koko proteiinia koodaava alue.
B -CRYAB-D
Alfa-b-krystallinopatiaa aiheuttavan CRYAB-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 8-12 viikkoa
Distaalinen myofibrillaarinen myopatia (DES-geenin mutaatiot)
Mutaatiot DES-geenissä aiheuttavat desmiiniin liittyvää myofibrillaarista myopatiaa ja kardiomyopatiaa. DES-geenistä tutkitaan koko proteiinia koodaava alue sekvensoinnilla.
B -DES-D
Desmiiniin liittyvää myofibrillaarista myopatiaa ja kardiomyopatiaa aiheuttavan DES-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 12-16 viikkoa
Myofibrillaarinen myopatia (BAG3-geenin mutaatiot)
BAG3-geenistä tunnetaan toistaiseksi yksi mutaatio (P209L), joka aiheuttaa vallitsevasti periytyvää myofibrillaarista myopatiaa. Geenistä tutkitaan sekvensoinnilla eksoni 3, jossa kyseinen mutaatio sijaitsee.
B -BAG3-D
Vallitsevasti periytyvää myofibrillaarista myopatiaa aiheuttavan BAG3-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 4-8 viikkoa
Varhain alkava distaalimyopatia (Laing, MPD1, MYH7-geenin mutaatiot)
Mutaatiot MYH7-geenin loppupäässä aiheuttavat varhain alkavaa distaalimyopatiaa. Tutkittava geenin alue kattaa eksonit 32-40 ja ne tutkitaan sekvensoinnilla.
6033 B -MYH7-D
Laing distaalista myopatiaa (MPD1, Laing distal myopathy) aiheuttavan MYH7-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 12-16 viikkoa
Filaminopatia: distaaliset ja myofibrillaariset myopatiat (FLNC-geenin mutaatiot)
FLNC-geenin mutaatiot aiheuttavat vallitsevasti periytyvää lihastautia, joka voi ilmetä joko myofibrillaarisena myopatiana tai distaalisena myopatiana ilman myofibrillaarisen myopatian histopatologisia löydöksiä. Geenistä tutkitaan sekvensoinnilla eksonit 2-4, 17, 18, 19 ja 48.
B -FLNC-D
Filaminopatiaa aiheuttavan FLNC-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 8-12 viikkoa
Distaalinen/skapuloperoneaalinen myopatia (IBMPFD-tauti, VCP-geenin mutaatiot)
VCP-geenin mutaatiot aiheuttavat IBMPFD-taudin (Inclusion Body Myopathy with Paget disease and Frontotemporal Dementia) lisäksi myös distaalista ja skapuloperoneaalista reunusrakkula-vakuolaarista myopatiaa. Sekvensoinnilla tutkitaan eksonit 2-7 ja 10-12, joista mutaatioita on löydetty myös Suomesta.
4991 B -VCP-D
Reunusrakkula-vakuolaarista myopatiaa ja monielintautia aiheuttavan VCP-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 12-16 viikkoa
MYH2-geenin mutaatiot
Mutaatiot MYH2-geenissä aiheuttavat vallitsevaa kongenitaalista reunusrakkula-vakuolaarista myopatiaa (IBM3) sekä resessiivisesti periytyvää kongenitaalista myopatiaa. Geenin eksonit 3-4, 6-8, 12, 16, 19-20, 23-25 ja 29-30 tutkitaan sekvensoinnilla.
B -MYH2-D
Kongenitaalista reunusrakkula-vakuolaarista myopatiaa sekä resessiivisesti periytyvää myopatiaa aiheuttavan MYH2-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 8-12 viikkoa
MDC1A-geenin mutaatiot (LAMA2-geenin mutaatiot)
LAMA2-geenin mutaatiot aiheuttavat peittyvästi periytyvää MDC1A-tautia (merosin-deficient congenital muscular dystrophy type 1A). Geenistä tutkitaan sekvensoinnilla eksoni 46, jossa sijaitsee suomalaisilla esiintyvä mutaatio V2174X.
B -LAMA2-D
Peittyvästi periytyvää MDC1A-tautia aiheuttavan LAMA2-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 4-8 viikkoa
FHL1-geenin mutaatiot
Mutaatiot FHL1-geenissä aiheuttavat X-kromosomaalisesti periytyvää skapuloperoneaalista myopatiaa ja reducing body myopatiaa (RBM). Geenistä tutkitaan sekvensoinnilla eksonit 4 ja 5, joista toistaiseksi kaikki tautia aiheuttavat mutaatiot on löydetty. Tarvittaessa on mahdollisuus tutkia koko geenin proteiinia koodaava alue.
B -FHL1-D
X-kromosomaalisesti periytyvää skapuloperoneaalista myopatiaa ja reducing body myopatiaa (RBM) aiheuttavan FHL1-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 8-12 viikkoa
Synnynnäinen nemaliinimyopatia (TPM2-geenin mutaatiot)
TPM2-geenin mutaatiot aiheuttavat tyypin 4 nemaliinimyopatiaa, tyypin 2 cap-myopatiaa ja tyypin 1 sekä tyypin 2 distaalista artrogrypoosia. Geenistä tutkitaan sekvensoinnilla kaikki eksonit.
B -TPM2-D
Nemaliinimyopatiaa aiheuttavan TPM2-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 16-20 viikkoa
Synnynnäinen nemaliinimyopatia (TPM3-geenin mutaatiot)
TPM3-geenin mutaatiot aiheuttavat perinnöllistä nemaliinimyopatiaa ja cap-myopatiaa. Geenistä tutkitaan sekvensoinnilla eksonit 3-8.
B -TPM3-D
Nemaliinimyopatiaa aiheuttavan TPM3-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 8-12 viikkoa
Synnynnäinen nemaliinimyopatia ja syytyyppiepäsuhta, ACTA1-geenin mutaatiot
ACTA1-geenin mutaatiot aiheuttavat vallitsevasti periytyvää tyypin 3 nemaliinimyopatiaa sekä synnynnäistä syytyyppiepäsuhtaa. Geenin koko proteiinia koodaava alue tutkitaan sekvensoinnilla.
B -ACTA1-D
Tyypin 3 nemaliinimyopatiaa sekä synnynnäistä syytyyppiepäsuhtaa aiheuttavan ACTA1-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 8-12 viikkoa
Synnynnäinen sentronukleaarinen myopatia, DNM2-geenin mutaatiot
DNM2-geenin mutaatiot aiheuttavat vallitsevasti periytyvää tyypin 1 sentronukleaarista myopatiaa (CNM1), välimuodon Charcot-Marie-Toothin tautia ja tyypin 2M aksonaalista Charcot-Marie-Toothin tautia. Geenistä tutkitaan sekvensoinnilla eksonit 8, 11, 15, 16 ja 17.
B -DNM2-D
Sentronukleaarista myopatiaa ja Charcot-Marie-Toothin tautia aiheuttavan DNM2-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 12-16 viikkoa
Synnynnäinen central core myopatia, RYR1-geenin mutaatiot
RYR1-geenin mutaatiot aiheuttavat vallitsevasti periytyvää pahanlaatuista hypertermiaa ja central core myopatiaa. Geenistä tutkitaan sekvensoinnilla eksonit 8, 9, 12, 17, 33, 39, 43-47, 85-86, 101 ja 102. Tautia aiheuttava mutaatio voi kuitenkin sijaita missä tahansa geenin 106 eksonista, joten negatiivinen tulos ei sulje pois RYR1-geeniä taudin aiheuttajana.
B -RYR1-D
Pahanlaatuista hypertermiaa ja central core myopatiaa aiheuttavan RYR1-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 12-16 viikkoa
Kongenitaalimyopatia SEPN1-geenin mutaatiot
SEPN1-geenin mutaatiot aiheuttavat peittyvästi periytyvää syytyyppiepäsuhtaa sekä rangan jäykkyyttä ja multiminicore-tyyppistä tautia (rigid spine muscular dystrophy). Geenistä tutkitaan sekvensoinnilla eksonit 1, 7 ja 10, joissa sijaitsee suurin osa tautia aiheuttavista mutaatioista.
B -SEPN1-D
Syytyyppiepäsuhtaa sekä rangan jäykkyyttä ja multiminicore-tyyppistä tautia aiheuttavan SEPN1-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 8-12 viikkoa
XMEA-geenin mutaatiot
VMA21-geenin mutaatiot aiheuttavat X-kromosomaalisesti peittyvästi periytyvää myopatiaa (XMEA). Geenistä tutkitaan sekvensoinnilla kaikki eksonit sekä ne introniset alueet, joista mutaatioita on löydetty.
B -VMA21-D
X-kromosomaalisesti periytyvää myopatiaa (XMEA) aiheuttavan VMA21-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 8-12 viikkoa
Karnitiini palmitoyylitransferaasin puutos
CPT II -geenin valtamutaatio (S113L) aiheuttaa karnitiini palmitoyylitransferaasin puutokseen liittyvää lihassairautta. Mutaatio sijaitsee eksonissa 3 ja se tutkitaan sekvensoinnilla.
4992 B -CPT2-D
Karnitiini palmitoyylitransferaasin puutosta aiheuttavan CPT II -geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 4-8 viikkoa
Glykogeenin kertymäsairaus, ENO3-geenin mutaatiot
ENO3-geenin mutaatiot aiheuttavat peittyvästi periytyvää glykogeenin kertymäsairautta (Glycogen storage disease XIII, GSD13). Geenistä tutkitaan koko proteiinia koodaava alue sekvensoinnilla.
B -ENO3-D
Peittyvästi periytyvää glykogeenin kertymäsairautta aiheuttavan ENO3-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 12-16 viikkoa
Glykogeenin kertymäsairaus, PFKM-geenin mutaatiot
PFKM-geenin mutaatiot aiheuttavat glykogeenin kertymäsairautta (Glycogen storage disease VII, GSD7). Geenistä tutkitaan sekvensoinnilla eksoni 5, jossa sijaitsee Suomesta löytynyt mutaatio.
B -PFKM-D
Glykogeenin kertymäsairautta aiheuttavan PFKM-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 4-8 viikkoa
Glykogeenin kertymäsairaus,PGAM2-geenin mutaatiot
PGAM2-geenin mutaatiot aiheuttavat glykogeenin kertymäsairautta (Glycogen storage disease X, GSD10). Geenistä tutkitaan sekvensoinnilla koko PGAM2-geenin proteiinia koodaava alue.
B -PGAM2-D
Glykogeenin kertymäsairautta aiheuttavan PGAM2-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 8-12 viikkoa
Glykogeenin kertymäsairaus, PYGM-geenin mutaatiot
PYGM-geenin mutaatiot aiheuttavat glykogeenin kertymäsairautta (Glycogen storage disease V, GSD5). Geenistä tutkitaan sekvensoinnilla eksonit 1, 14 ja 15.
B -PYGM-D
Glykogeenin kertymäsairautta aiheuttavan PYGM-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 4-8 viikkoa
Butyryylikoliiniesteraasin puutos, BCHE-geenin mutaatiot
BCHE-geenin mutaatiot aiheuttavat butyryylikoliiniesteraasin puutosta. Geenistä tutkitaan sekvensoinnilla koko BCHE-geenin proteiinia koodaava alue.
B -BCHE-D
Butyryylikoliiniesteraasin puutosta aiheuttavan BCHE-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 12-16 viikkoa
Congenital Myasthenic Syndrome (CMS-EA) (mutaatiot CHAT-, RAPSN- ja DOK7-geeneissä)
Sekvensoinnilla tutkitaan RAPSN-geenin eksonissa 2 sijaitseva valtamutaatio (N88K) sekä CHAT-geenin ja DOK7-geenin tunnetut suomalaismutaatiot. CHAT-geenin tutkimus kattaa eksonit 7 ja 13 (mutaatiot L210P ja S498L), ja DOK7-geenin tutkimus eksonin 7. Tarvittaessa on mahdollisuus tutkia koko DOK7-geenin proteiinia koodaava alue.
4886 B -CHATC-D
Koliiniasetyylitransferaasigeenin mutaatioiden tutkimus kongenitaalisessa myastenia-apnea-syndroomassa (CMS-EA)
Vastausaika: 4-8 viikkoa
4993 B -RAPSN-D
RAPSN-geenin valtamutaation tutkimus kongenitaalisessa myastenia-syndroomassa (CMS)
Vastausaika: 4-8 viikkoa
B -DOK7-D
Resessiivisesti periytyvää CMS1B:a (congenital myasthenic syndrome type 1b) aiheuttavan DOK7-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 4-8 viikkoa
MYOcap: Lihasdystrofioihin ja myopatioihin kohdistettu geenipaneeli
MYOcap on uuden sukupolven sekvensointimenetelmään (next generation sequencing, NGS) perustuva geenipaneelitutkimus. Tutkimuksessa koostetaan sekvensointikirjasto käyttäen koettimia, jotka on kohdennettu 236 tunnetun tai ennustetun lihasdystrofiaa tai myopatiaa aiheuttavan geenin eksoneihin. Saatu sekvensointikirjasto sekvensoidaan NGS-menetelmällä.
Geenipaneelin sisältämät geenit: v1, v2, v3, v4, v5, v6, v7, v8
MNDcap: Motoneuronitauteihin, perinnölliseen neuropatiaan, spastiseen paraplegiaan ja myasteeniseen syndroomaan kohdistettu geenipaneeli
MNDcap on uuden sukupolven sekvensointimenetelmään (next generation sequencing, NGS) perustuva geenipaneelitutkimus. Tutkimuksessa koostetaan sekvensointikirjasto käyttäen koettimia, jotka on kohdennettu 275 tunnetun tai ennustetun motoneuronitauteja, perinnöllistä neuropatiaa, spastista paraplegiaa tai myasteenista syndroomaa aiheuttavan geenin eksoneihin. Saatu sekvensointikirjasto sekvensoidaan NGS-menetelmällä.
Geenipaneelin sisältämät geenit: v1, v2, v3, v4
Kardiomyopatia
Kardiomyopatia (LMNA-, SCN5A-, DES -, em>TTN- ja ZASP-geenien mutaatiot)
Mutaatiot LMNA-geenissä aiheuttavat vallitsevasti periytyvää arytmogeenistä kardiomyopatiaa. LMNA on Suomessa tavallisin yksittäinen kardiomyopatiaa aiheuttava geeni.
Mutaatiot SCN5A-geenissä aiheuttavat mm. tyypin 3 synnynnäistä pitkä QT -oireyhtymää, Brugada-oireyhtymää, idiopaattista kammiovärinää, rytmihäiriöalttiutta, sairas sinus -oireyhtymää sekä dilatoivaa kardiomyopatiaa. Geenistä tutkitaan sekvensoinnilla eksonit 6, 17, 21 ja 27, joissa sijaitsee suurin osa dilatoivaa kardiomyopatiaa aiheuttavista mutaatioista.
DES-geenistä on tunnistettu myofibrillaarista myopatiaa aiheuttavien mutaatioiden lisäksi yksi dilatoivaa kardiomyopatiaa aiheuttava mutaatio (I451M). Mutaatio sijaitsee eksonissa 8, joka tutkitaan sekvensoimalla.
Mutaatiot TTN-geenissä aiheuttavat mm. kardiomyopatiaa. Kardiomyopatiaan liittyviä mutaatioita sijaitsee koko geenin alueella, ja näistä tutkitaan vain geenin loppuosasta tunnistetut mutaatiot.
ZASP-geenin mutaatiot voivat aiheuttaa myofibrillaarisen myopatian lisäksi dilatoivaa kardiomyopatiaa. Geenistä tutkitaan sekvensoinnilla eksonit 4, 6, 10 ja 15, joista kardiomyopatiaa aiheuttavia mutaatioita on löydetty.
4998 B -LMNA-D
LGMD1B-tautia (Limb-girdle muscular dystrophy type 1B), vallitsevaa Emery-Dreifuss lihasdystrofiaa sekä kardiomyopatiaa aiheuttavan LMNA-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 8-12 viikkoa
B -DES-D kardiomyopatia
DES-geenin kardiomyopatiaa aiheuttavien mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 4-8 viikkoa
B -TTN-D
Muiden titinopatiaa aiheuttavien TTN-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus. Epäilty tauti on tarkennettava erikseen tutkimusta pyydettäessä.
Vastausaika: 4-8 viikkoa
B -SCN5A-D
SCN5A-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 8-12 viikkoa
B -ZASPCMD
ZASP-geenin kardiomyopatiaa aiheuttavien mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 8-12 viikkoa
Motoneuronitaudit
Amyotrofinen lateraaliskleroosi (ALS) ja frontotemporaalidementia (FTD) (C9orf72-geenin toistojaksomutaatio)
C9orf72-geenin ei-koodaavalla alueella sijaitseva kuuden emäksen (GGGGCC) muodostama toistojaksomutaatio aiheuttaa vallitsevasti periytyvää amyotrofista lateraaliskleroosia ja/tai frontotemporaalidementiaa. C9orf72-geenin toistojaksomutaatio aiheuttaa Suomessa noin 46 % perinnöllisistä (FALS) ja 21 % sporadisista ALS-tapauksista ja sitä pidetään tavallisimpana ALS:n ja FTD:n geneettisenä taustatekijänä. Toistojaksomutaatio osoitetaan DNA:sta RP-PCR -menetelmällä.
B -C9ORF72-D
Amyotrofista lateraaliskleroosia (ALS) ja frontotemporaalidementiaa (FTD) aiheuttavan C9orf72-geenin toistojaksomutaation DNA-tutkimus
Vastausaika: 4-8 viikkoa
Perinnöllinen amyotrofinen lateraaliskleroosi (FALS, SOD1-geenin mutaatiot)
SOD1-geenin mutaatiot aiheuttavat perinnöllistä sekä resessiivistä että vallitsevaa amyotrofista lateraaliskleroosia. Ensin tutkitaan suomalaisilla tavallisimmin esiintyvä resessiivinen D90A-mutaatio. Mikäli se jää negatiiviseksi, tutkitaan SOD1-geenistä koko proteiinia koodaava alue sekvensoinnilla.
B -SOD1-D
Perinnöllistä amyotrofista lateraaliskleroosia (FALS) aiheuttavan SOD1-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus. Tutkimus on kaksivaiheinen, joista jälkimmäinen tehdään vain, jos ensimmäisen tulos on negatiivinen.
Vastausaika: 12-16 viikkoa
Pagetin luutauti ja amyotrofinen lateraaliskleroosi (SQSTM1-geenin mutaatiot)
Mutaatioiden SQSTM1-geenissä tiedetään aiheuttavan Pagetin luutautia ja amyotrofista lateraaliskleroosia. Geenistä tutkitaan sekvensoinnilla koko proteiinia koodaava alue.
B -SQSTM1-D
Pagetin luutautia ja amyotrofista lateraaliskleroosia aiheuttavan SQSTM1-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 16-20 viikkoa
Tyypin 8 amyotrofinen lateraaliskleroosi (ALS8) ja proksimaalinen spinaalinen lihasatrofia (VAPB-geenin mutaatiot)
VAPB-geenin mutaatiot aiheuttavat tyypin 8 amyotrofista lateraaliskleroosia (ALS8) sekä vallitsevasti periytyvää aikuisiän proksimaalista spinaalista lihasatrofiaa. Geenin koko koodaava alue tutkitaan sekvensoinnilla.
B -VAPB-D
Tyypin 8 amyotrofista lateraaliskleroosia (ALS8) ja vallitsevasti periytyvää aikuisiän proksimaalista spinaalista lihasatrofiaa aiheuttavan VAPB-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 12-16 viikkoa
Tyypin 10 amyotrofinen lateraaliskleroosi (ALS10, TARDBP-geenin mutaatiot)
TARDBP-geenin mutaatiot aiheuttavat vallitsevasti periytyvää tyypin 10 amyotrofista lateraaliskleroosia (ALS10). Geenistä tutkitaan sekvensoinnilla proteiinia koodaava alue.
B -TARDBPD
Tyypin 10 amyotrofista lateraaliskleroosia (ALS10) aiheuttavan TARDBP-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 12-16 viikkoa
Tyypin 8 Parkinsonin tauti (PARK8, LRRK2-geenin mutaatiot)
LRRK2-geenin mutaatiot aiheuttavat vallitsevasti periytyvää tyypin 8 Parkinsonin tautia (PARK8). Geenistä tutkitaan sekvensoinnilla eksonit 31, 32, 34 ja 41.
B -LRRK2-D
Tyypin 8 Parkinsonin tautia (PARK8) aiheuttavan LRRK2-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 8-12 viikkoa
Distaalinen motorinen neuronopatia, BSCL2-geenin mutaatiot
BSCL2-geenin mutaatiot N88S ja S90L aiheuttavat vallitsevasti periytyviä tyypin 5 distaalista motorista neuronopatiaa ja Silver syndroomaa. Geenistä tutkitaan sekvensoinnilla eksoni 4, jossa nämä kaksi mutaatiota sijaitsevat.
B -BSCL2-D
Tyypin 5 distaalista motorista neuronopatiaa ja Silver syndroomaa aiheuttavan BSCL2-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 4-8 viikkoa
Distaalinen motorinen neuronopatia, GARS-geenin mutaatiot
GARS-geenin mutaatiot aiheuttavat vallitsevasti periytyvää tyypin 2D Charcot-Marie-Toothin tautia sekä tyypin V distaalista hereditaarista motorista neuronopatiaa. Geenistä tutkitaan eksonit 3, 4, 13 ja 14 sekvensoinnilla. Tarvittaessa voidaan tutkia koko geeni.
B -GARS-D
Tyypin 2D Charcot-Marie-Toothin tautia sekä tyypin V distaalista hereditaarista motorista neuronopatiaa aiheuttavan GARS-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 8-12 viikkoa
SETX-geenin mutaatiot
SETX-geenin mutaatiot aiheuttavat distaalista spinaalista lihasatrofiaa mahdollisilla ylemmän motoneuronin oireilla, tyypin 1 spinoserebellaarista ataksiaa sekä tyypin 4 nuoruusiän amyotrofista latelaariskleroosia. Geenistä tutkitaan sekvensoinnilla eksonit 3, 8, 9, 14, 19 sekä osa eksonista 10, joissa sijaitsee suurin osa tautia aiheuttavista mutaatioista.
B -SETX-D
Distaalista spinaalista lihasatrofiaa mahdollisilla ylemmän motoneuronin oireilla, tyypin 1 spinoserebellaarista ataksiaa sekä tyypin 4 nuoruusiän amyotrofista latelaariskleroosia aiheuttavan SETX-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 12-16 viikkoa
Distaalinen SMA, DNAJB2-geenin mutaatiot
DNAJB2-geenin mutaatiot aiheuttavat tyypin 5 distaalista spinaalista lihasatrofiaa. Geenistä tutkitaan sekvensoinnilla eksoni 5, jossa sijaitsee toistaiseksi ainoa tunnettu tautia aiheuttava mutaatio.
B -DNAJB2-D
Tyypin 5 distaalista spinaalista lihasatrofiaa aiheuttavan DNAJB2-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 4-8 viikkoa
LOSMoN-tauti, aikuisiän motorinen neuronopatia, CHCHD10-geenin mutaatiot
LOSMoN-tauti on alun perin Pohjois-Karjalasta löydetty autosomissa vallitsevasti periytyvä aikuisiällä alkava motoneuronopatia (SMA Jokela, OMIM #615048), joka johtuu CHCHD10-geenin mutaatioista. CHCHD10-geenistä tutkitaan sekvensoimalla eksoni 2, jossa sijaitsevat kaikki toistaiseksi tunnetut tautia aiheuttavat mutaatiot. Tarvittaessa voidaan tutkia koko geeni.
B -CHCHD10-D
Autosomissa vallitsevasti periytyvää aikuisiällä alkavaa motoneuronopatiaa (LOSMoN-tautia) aiheuttavan CHCHD10-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 4-8 viikkoa
EGR2-geenin mutaatiot
EGR2-geenin mutaatiot aiheuttavat tyypin 1D Charcot-Marie-Toothin tautia, Dejerine-Sottasin tautia ja synnynnäistä hypomyelinoivaa neuropatiaa. Geenistä tutkitaan sekvensoinnilla osa eksonista 2.
B -EGR2-D
Tyypin 1D Charcot-Marie-Toothin tautia, Dejerine-Sottasin tautia ja synnynnäistä hypomyelinoivaa neuropatiaa aiheuttavan EGR2-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 4-8 viikkoa
Familiaalinen amyloidoottinen polyneuropatia, TTR-geenin mutaatiot
TTR-geenin V30M-mutaatio on tavallisin Pohjoismaissa esiintyvä familiaalista amyloidoottista polyneuropatiaa aiheuttava mutaatio. Geenistä tutkitaan sekvensoinnilla eksoni 2, jossa kyseinen mutaatio sijaitsee. Mikäli se jää negatiiviseksi, tutkitaan geenin koko proteiinia koodaava alue sekvensoinnilla.
B -TTR-D
Familiaalista amyloidoottista polyneuropatiaa aiheuttavan TTR-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 4-8 viikkoa
Perinnöllinen neuralginen amyotrofia, SEPT9-geenin mutaatiot
SEPT9-geenistä tutkitaan sekvensoinnilla osa eksonista 2, jossa sijaitsee yleisin perinnöllistä neuralgista amyotrofiaa aiheuttava mutaatio p.R88W.
B –SEPT9-D
Perinnöllistä neuralgista amyotrofiaa aiheuttavan SEPT9-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 4-8 viikkoa
Muut neurologiset sairaudet
Ihmisen mitokondriaalisen DNA:n sekvensointi NGS-menetelmällä
Uuden sukupolven sekvensointimenetelmään (next generation sequencing, NGS) perustuvalla tutkimuksella voidaan sekvensoida ihmisen koko mitokondriaalinen DNA kerralla. Tutkimuksessa pyritään saamaan sekvenssille mahdollisimman suuri lukupeitto, niin että myös hyvin pienen heteroplasmiaprosentin muutokset pystytään havaitsemaan. Koska mitokondriaalisessa DNA:ssa voi olla eroja eri kudostyyppien välillä, tutkimus olisi parasta tehdä lihasnäytteestä. Tarvittaessa myös verinäytettä voidaan käyttää, mutta saatu tulos ei ole yhtä luotettava kuin lihasnäytteestä tehdyssä tutkimuksessa.
MtDNA-NGS
Lihasdystrofioihin ja myopatioihin kohdistettu geenipaneelitutkimus
POLG1-geenin mutaatiot
Mutaatiot POLG1-geenissä aiheuttavat MIRAS- (Mitochondrial Recessive Ataxia Syndrome), PEO- (Progressive External Ophtalmoplegia) ja SANDO- (sensorinen ataktinen neuropatia) tauteja. Geenistä tutkitaan sekvensoinnilla eksonit 3, 7, 13 sekä osa eksonista 2. Mikäli tulos jää negatiiviseksi, jatketaan eksonien 4-5 ja 15-18 sekvensoinnilla. Tarvittaessa on mahdollisuus koko geenin sekvensointiin.
4997 B -POLG1-D
PEO-, MIRAS- ja SANDO-tauteja aiheuttavan POLG1-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 8-12 viikkoa
Charlevoix-Saguenayn spastinen ataksia, SACS-geenin mutaatiot
SACS-geenin mutaatiot aiheuttavat Charlevoix-Saguenayn spastista ataksiaa. Geenistä tutkitaan sekvensoinnilla eksoni 3 sekä osa eksonista 10.
B -SACS-D
Charlevoix-Saguenayn spastista ataksiaa aiheuttavan SACS-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 8-12 viikkoa
MPV17-geenin mutaatiot
MPV17-geenin mutaatiot aiheuttavat tyypin 6 mitokondriaalisen DNA:n puutostautia (MTDPS6). Geenistä tutkitaan sekvensoinnilla koko proteiinia koodaava alue.
B -MPV17-D
Tyypin 6 mitokondriaalisen DNA:n puutostautia aiheuttavan MPV17-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 12-16 viikkoa
Progressiivinen eksternaalinen oftalmoplegia, RRM2B-geenin mutaatiot
RRM2B-geenin mutaatiot aiheuttavat vallitsevasti periytyvää progressiivista eksternaalista oftalmoplegiaa (PEOA5) ja ptoosia. Geenistä tutkitaan sekvensoinnilla eksoni 9.
B -RRM2B-D
Progressiivista eksternaalista oftalmoplegiaa (PEOA5) ja ptoosia aiheuttavan RRM2B-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 4-8 viikkoa
Adrenomyeloneuropatia (ABCD1-geenin mutaatiot)
ABCD1-geenin mutaatiot aiheuttavat X-kromosomaalisesti periytyvää adrenomyeloneuropatiaa. Geenistä tutkitaan sekvensoinnilla eksoni 1, josta toistaiseksi tunnetut suomalaismutaatiot on löydetty.
B -ABCD1-D
X-kromosomaalisesti periytyvää adrenomyeloneuropatiaa aiheuttavan ABCD1-geenin mutaatioiden DNA-tutkimus
Vastausaika: 8-12 viikkoa