Tampereen Biopankin tutkimusprojektit 2023

Ano7 – aggessiivisen eturauhassyövän uusi alttiusgeeni

Johanna Schleutker, Turun Yliopisto

Eturauhassyöpä on miesten yleisin syöpätauti. Sen kliininen kuva vaihtelee vuosikymmenien hiljaisesta ja kivuttomasta etenemisestä (indolentti) nopeaan, etäpesäkkeitä lähettävään ja kuolemaan johtavaan tautiin. Peräti 57% taudin riskistä selittyy perinnöllisillä tekijöillä. Tutkimuksella halutaan jatkaa ANO7 geenin selvittämistä taudin synnyssä ja kehittymisessä. Eturauhasspesifisen ANO7-geenin toiminta on toistaiseksi varsin tuntematon. Olemme osoittaneet, että ANO7-genotyypit korreloivat geenin ilmentymisen ja taudin vakavuuden kanssa. Iso osa edeltävistä tuloksista viittaa geenin vaihtoehtoiseen pujontaan, minkä tiedetään olevan keskeinen mekanismi syövän synnyssä. Tutkimuksessa halutaan edelleen selvittää geenin toimintaa ja säätelyä, sen metabolista reittiä ja vuorovaikutteisia geenejä ja proteiineja - ja etenkin variantin rs77559646 vaikutusta. Olemme edeltävästi todenneet, että kyseinen mutaatio johtaa homotsygoottisena proteiinin apikaaliseen häviämiseen eturauhaskudoksessa, vaikka lähetti-RNA:n taso pysyy normaalina. Kyseisen AA-genotyypin omaavat potilaat ovat hyvin harvinaisia ja siksi potilaita pyritään löytämään tutkimukseen biopankeista. Tutkittavia haetaan kohortista, jolle riski-SNP on genotyypitetty FinnGen-tutkimushankkeessa. Potilaiden kudoksesta eristettävälle RNA:lle tehdään RNA-sekvensointi, jotta voisimme tarkastella hypoteesimme mukaista ns. intron-retention ilmiötä. Tutkimus lisää ymmärrystämme ituradan mutaatioista, jotka ajavat syövän kehittymistä aggressiiviseksi taudiksi.

Role of genomics in periprosthetic joint infection

Aleksi Reito, Tays

Tekonivelinfektion ennustamista on tutkittu runsaasti viime vuosikymmeninä. Tutkimus on pohjautunut yksinomaan kliinisiin muuttujiin kuten demografisiin tietoihin ja taustasairauksiin. Erittäin laaja tutkimuskirjallisuus on osoittanut, että tekonivelinfektion ennustaminen käyttämällä kliinisiä muuttujia on vaikeaa ja ennustemallit eivät ole tarkkoja kertomaan kuka potilas on riskissä saada tekonivelinfektio. Hyvin toimiva kliininen ennustemalli olisi hyödyllinen kliiniseen päätöksentekoon sekä potilasinformointiin. Tutkimuksessa pyritään selvittämään genetiikan roolia tekonivelinfektioriskiin. Geneettisellä tiedolla voi olla tärkeä merkitys tekonivelinfektioriskin tunnistamisessa.

Uudet merkkiaineet ja menetelmät eturauhassyövän diagnostiikassa, hoidossa ja seurannassa (PROLIB)

LT Jussi Nikkola

Eturauhassyövän diagnostiikka- ja hoitomenetelmät ovat viime vuosina kehittyneet uusien menetelmien, kuten magneettikuvauksen, magneettikuva-ohjatun eturauhasbiopsian, PSMA-PET-TT kuvauksen sekä uusien androgeeniviestintää estävien syöpälääkkeiden käyttöönoton seurauksena. Diagnostiikka, hoidon valinta ja seuranta perustuvat kuitenkin vielä pitkälti epäspesifiseen PSA-mittaukseen, kuvantamistutkimuksiin sekä kliinisiin-patologisiin löydöksiin. Kalliita syöpälääkehoitoja myös aloitetaan yhä varhaisemmassa vaiheessa, sillä ei ole olemassa ennusteellisia merkkiaineita, joilla hoidoista hyötyvät potilaat pystyttäisiin tunnistamaan.

Tässä tutkimuksessa pyritään edistämään eturauhassyövän hoitoa ymmärtämällä syvällisemmin taudin syntyyn, kehityskulkuun ja hoitoresistenssiin vaikuttavia tekijöitä. Erityisesti tavoitteena on pyrkiä selvittämään, mitä eturauhassyövän piirteitä voidaan hyödyntää, jotta voitaisiin tehokkaammin ehkäistä, tunnistaa ja hoitaa aggressiivisia eturauhassyöpiä ja mitkä tekijät ajavat eturauhassyövän leviämistä ja hoitoresistenssiä taudin hoidon eri vaiheissa.

Tutkimus on osa laajempaa urologisten syöpien yksilöllistetyn lääketieteen ja nestebiopsioiden käyttömahdollisuuksia selvittävää prospektiivista tutkimuskokonaisuutta (UROLIB).

Biomarker Validation - Progranulin as a Biomarker for Sepsis

Amelie Gaignaux, Codex4SMEs consortium

The Codex4SMEs consortium is composed by nine members and two sub-partners, each with different backgrounds, experiences and competences. The role of the LIH-IBBL Translational Biomarker Group, TBG for short, is to deliver a service of biomarker (BM) validation aimed at increasing the chances for a putative BM to ‘progess’ from bench to bedside. Biobank samples are used for clinical verification of a putative BM for sepsis.

MUCIN 13 in lung cancer

Outi Kuittinen, UEF

Lung cancer is a common cancer with poor survival. Fortunately, checkpoint inhibitors enhancing patient’s own immune response to attack cancer cells have shown efficacy also in lung cancer, but only in a minority of patients. These drugs are expensive and they have serious side effects. Thus, better patient selection for these treatments is necessary. Mucins are transmembrane glycoproteins expressed on epithelial membranes, including airways. Mucins promote immunosuppressive acidic tumor microenvironment favoring cancer cell survival. Mucin 13 is a potential diagnostic and therapeutic target for cancer. We propose that dysfunctional regulation and expression of mucin 13 provides an immunosuppressive environment and associates with poor response to checkpoint inhibition and poor survival. A large-scale analysis of lung cancer patient samples with advanced biomolecular techniques combined with clinical characteristics will reveal the mechanisms in more detail.

FinnGen EA3 study for Women's health

Aarno Palotie, FIMM, Helsingin yliopisto

Endometriosis, PCOS and HPV-related gynecological lesions are among the most prevalent gynecological conditions affecting health and the quality of life in a significant number of women of all ages. The phenotypical spectrum and the associated co-morbidities within each condition are highly heterogenous, an effect that is largely attributed to the genetic differences in subgroups of patients. Characterizing the genetic background of the various phenotypes of these disease states, provides a clinically valuable tool for the diagnostics and targeted treatment of the affected women.

GENEROOS - Genetiikan rooli painonpudotuksessa

Andrea Ganna, FIMM, Helsingin yliopisto

GENEROOS on tutkimus, jonka tarkoituksena on selvittää genetiikan merkitystä painonpudotuksessa. Toisin sanoen, voivatko jotkut ihmiset laihtua helpommin kuin toiset heidän geneettisen taustansa vuoksi? Tätä varten tutkimukseen otetaan mukaan eri puolilta Suomea 1200 osallistujaa, jotka ovat 30–65-vuotiaita, joilla on ylimääräistä painoa (ylipainoa tai lihavuutta), joista on saatavilla geneettisiä tietoja ja jotka ovat antaneet sähköisen tietoon perustuvan suostumuksen tutkimukseen osallistuvan biopankin kautta (Helsingin, Tampereen ja Veripalvelun biopankit). Osallistujat satunnaistetaan kahteen ryhmään, ruokavalio-ohjausohjelmaan ja kontrolliryhmään. Lisäksi kaikkia osallistujia pyydetään vastaamaan lyhyeen verkkokyselyyn ja antamaan verinäyte tutkimuksen alussa ja lopussa.

Correlating RNA expression profiles to clinical outcomes in muscle invasive bladder cancer

Philips Electronics Nederland B.V

Philips has defined a gene signature-based risk scoring system wherein a subset of the RNA expression profile of the tissue is correlated with the clinical outcomes of interest to give a better characterization of the disease in that patient. The purpose of this study is to evaluate the prognostic and/or predictive power of this score in diseases that are known to have an immune system relation which is cancer in particular, but also infectious diseases, or diseases with a systemic immune system reaction like and neurodegenerative disorders. Philips intends to test the utility of this score for clinical characterization of patients with muscle-invasive bladder cancer, which can help the clinicians in prognosis, evaluation and/or therapy selection.

Development of deep learning algorithms in DLBCL

F. Hoffmann-La Roche Ltd

The study will focus on developing and validating algorithms for lymphoma. The objective is to develop algorithms for predicting the progression of the disease. The study will utilize digitalized slides from diagnostic samples. Samples are accessed through Finnish Hospital Biobanks.