Tampereen Biopankin tutkimusprojektit 2020

Raxo tutkimus

Helena Isoniemi, HUS, Pia Österlund, Tays

RAXO-tutkimuksen tavoite: Kaikilta 2011 - 2018 levinneeseen suolistosyöpään sairastuneilta suomalaisilta selvitellään suolistosyövän käyttäytymiseen, ennusteeseen ja hoitovasteeseen vaikuttavia tekijöitä.  RAXO-tutkimuksessa saamme lisätietoa syövän diagnostisista, ennusteellisista ja hoidon tehoa ennustavista tekijöistä kun käytämme kliinisten tietojen lisäksi syöpäkudosnäytteitä. Tässä tutkimuksessa käytämme vain syöpäkudosnäytteitä, jotka on otettu joko tähystyksen, suolistosyöpäkasvain- tai etäpesäkeleikkauksen tai koepalan oton yhteydessä.

Näytteistä saatetaan tehdä geenitutkimuksia, joissain tapauksissa myös koko perimän sekvensointi. Geenitutkimuksen tarkoituksena on selvittää perimän vaikutusta suolistosyövän syntyyn, hoidon ja lääkkeen tehoon ja turvallisuuteen.

Tutkijoiden tavoitteena on näiden kudosnäytteiden avulla saada lisätietoa siitä

• miten ja mihin suolistosyöpä leviää ja mikä on taudin kulku
• miten lääkkeet vaikuttavat elimistössä ja määrittää paras lääke kullekin potilaalle
• miksi jotkut potilaat hyötyvät hoidosta ja jotkut eivät
• mitkä tekijät voivat myötävaikuttaa syöpäsairauden syntyyn tai muuttaa sen kulkua
• miten saadaan kehitettyä parhaat taudinmääritystestit paksu- ja peräsuolisyövän toteamista ja hoitoa varten
• miksi joillakin etäpesäkeleikkauksen jälkeen tauti uusii.

Insulinoomien esiintyvyys ja ennuste Suomessa

Päivi Hannula, Tays

Insulinoomat ovat harvinaisia neuroendokriinisia kasvaimia, jotka tuottavat insuliinia. Niiden ilmaantuvuus on lisääntymässä. Olemme tutkineet ilmaantuvuutta, kliinisiä piirteitä, diagnostiikkaa ja hoitoa Suomessa 1980 - 2010 todetuista insulinoomista aiemmin (Peltola ym., Int J Endocrinol 2018:1-10). Nyt tutkimme näytteistä, kuinka nykyinen WHO-luokitus ja muut histopatologiset piirteet ennustavat elossaoloa, taudin etenemistä ja potilaiden muuta sairastavuutta.

Rare variants in CFI gene for age-related macular degeneration

Amy Jones, Gyroscope Therapeutics

Harvinaiset geneettiset variantit Complement Factor I (CFI) –geenissä nostavat riskiä sairastua makulan kuivaan ikärappeumaan (AMD, age-related macular degeneration). Tämän tutkimuksen tavoitteena on selvittää näiden harvinaisten varianttien esiintyvyys niiden suomalaisten AMD-sairautta sairastavien keskuudessa, jotka ovat antaneet biopankkinäytteen. Samalla selvitetään myös niiden henkilöiden määrä, jotka kantavat suomalaisessa väestössä rikastunutta, koodaamatonta 3’UTR-varianttia.

Tissue microarray of hematological malignancies: search for novel regulators of disease pathology across disease entities

Matti Vänskä, Artturi Mäkinen, Olli Lohi, Tays

Tässä tutkimuksessa etsitään veritautipotilaiden yksilöllisempää, tehokkaampaa, haitattomampaa ja kustannustehokkaampaa hoitoa mahdollistavia keinoja yhdistämällä biopankkinäytteillä tehtäviä innovatiivisia analyysejä sekä korkealaatuista kliinistä materiaalia. Tutkimuksen suunnittelussa ja tulosten tulkinnassa käytetään hyväksi olemassa olevaa tietoa, muun muassa tutkimusryhmän jäsenten aiemmin tekemiä tutkimuksia. Tutkimus keskittyy erityisesti hematologisten sairauksien diagnostiikan, ennusteen arvioinnin ja hoitovasteen sekä komplikaatioiden ennakoinnin parantamiseen ja tämän myötä hoidon parantamiseen kokonaisuudessaan.

TCR Signatures in Autoimmune/Inflammatory Disorders (pilot)

Adaptive Biotechnologies

Adaptiivinen immuunijärjestelmä reagoi jatkuvasti ärsykkeisiin, kuten uusiin ja kroonisiin infektioihin sekä autoimmuunisairauksien ja syövän kehittymiseen. Adaptiivisen immuunijärjestelmän soluilla on erikoistuneita reseptoreita, T- ja B-solureseptoreita (TCR:t ja BCR:t), joista jokaisella on ainutlaatuiset reseptoreitaan koodaavat sekvenssit. On arvioitu, että jokaisella yksilöllä on noin 100 miljoonaa ainutlaatuista reseptoria. Immuunijärjestelmän massiivisella monimuotoisuudella on potentiaalia tunnistaa miljoonia mahdollisia sairausantigeenejä, ja kyky lukea elimistön vasteet näihin antigeeneihin mahdollistaa uuden diagnostiikan, hoitomuodot ja sairauksien ymmärtämisen.

Adaptive Biotechnologies on kehittänyt alustan näiden reseptorien DNA:n sekvensoimiseksi. Tämän projektin tavoitteena on tunnistaa autoimmuuni- ja tulehdussairauksien TCR-tyyppejä uusien diagnostisten menetelmien ja hoitojen mahdollistamiseksi.

Performance evaluation of the GPQT test

Biohit Oyj

Biopankkinäytteitä käytetään uuden, kehitteillä olevan GastroPanel®-pikatestin suorituskyvyn tutkimiseen. GastroPanel®-pikatestillä mitataan määrällisesti pepsinogeeni 1 (PGI) -, pepsinogeeni 2 (PGII) -, gastriini-17 (G-17) -merkkiaineita ja Helicobacter pylori (HP IgG) -vasta-aineita kokoverestä tai plasmasta. Testi on tarkoitettu mahalaukun limakalvon surkastuman ja H. pylori -infektion diagnosointiin potilailla, joilla on ylävatsaoireita tai joilla on riski kehittää pahanlaatuisia solumuutoksia mahalaukun limakalvossa.